Академия, расположенная в светлом и разумном городе на юге Японии, является оплотом человеческих надежд, хотя её обитатели пока не догадываются о надвигающихся катастрофах. Ученые, находящиеся у руля этой образовательной системы, не обременены моральными сомнениями и понимают, что с помощью своих воспитанников смогут противостоять любым угрозам. Они готовы ступить на опасный путь, даже если он требует отрезания норм морали ради экспериментов. В этом контексте сила имеет ключевое значение, а если для достижения победы придется пролить кровь в схватках с магическими противниками, то это лишь жертва ради науки. В процессе обучения даже наиболее мощные эсперы могут случайно причинить вред друг другу, и это воспринимается как часть образовательного процесса. В Академии царит кажущийся мир и спокойствие, однако тревожные события постепенно накапливаются, и напряжение витает в воздухе, как предвестник грозы. Микото Мисака, главная героиня, оказывается под давлением призраков своего прошлого. Чтобы справиться с этими внутренними демонами, одного лишь применения силы недостаточно — здесь требуется глубокое осмысление ситуации. Лишь соприкоснувшись с темной стороной своего существования, Микото осознает, что в этом городе развернута тайная война, где действуют множество групп, а у каждой из них своя правда и свои цели. Тем не менее, с помощью нейтральной силы рейлгана и мудрого слова, она находит общий язык с различными персонажами — от белобрысых психопатов и неудачников до хитроумных блондинок и даже механических существ, напоминающих лазерные пушки. Вискосным отступлением также оказывается знакомство с новыми родственницами, что может отвлечь их маньячку Куроко хотя бы на короткое время. С каждым новым шагом Микото углубляется в мир, в котором переплетены опасность и дружба, и их испытания становятся все более сложными, заставляя её пересмотреть собственные ценности и приоритеты.