После того как Мотоко Кусанаги освободилась от тяжёлых обязанностей в подразделении 501, её жизнь предстает в новом свете, и теперь ей необходимо научиться следовать указаниям Арамаки, начальника нового отдела. В это время разгорается кризис: кто-то таинственным образом проникает в системы безопасности госучреждений, угрожая стабильности и безопасности всего государства. В такую непростую ситуацию Бато, верный друг Кусанаги, обращается за поддержкой к Исикаве, экс-офицеру военной разведки, обладающему редкими навыками и опытом, необходимыми для расследования текущего дела. Спасение ситуации лежит на плечах нового отряда 9-го отдела госбезопасности, который теперь включает в себя таких специалистов, как Сайто — снайпер высшего уровня, и Паз — таинственный агент полиции, известный своим необычным подходом к делу. Но сотрудничество между этими группами не так-то просто: они немедленно погружаются в соперничество, каждый стремится доказать свою компетентность и значимость в решении возникающих угроз. На фоне напряженной динамики внутренней борьбы персонажи сталкиваются с нравственными и этическими дилеммами, ставя под сомнение собственные ценности и лояльность. Мотоко вновь должна найти баланс между человеческой частью своей сущности и кибернетическим наследием, которое всегда будет частью ее жизни. В этом опасном мире технологий и манипуляций быть хрупкой и самодостаточной становится настоящим вызовом. Вопрос не только в расследовании преступлений, но и в поиске самого себя, своего места в команде и в мире, находящемся на грани технического прогресса и человеческой природы. Создание крепкой командной работы — это не единственная проблема, с которой сталкиваются герои. Им предстоит противостоять не только внешним угрозам, но и собственным внутренним конфликтам, которые могут разрушить всё, что они строили. Каждый персонаж добавляет свою уникальную ноту в общий оркестр события, формируя эффектный и напряжённый сюжет, который заставит зрителей задуматься о многогранности человеческой природы и границах технологии. Фильм оставляет зрителям множество вопросов, которые могут быть решены только в процессе самопознания и взаимопонимания.